לגינה במוסד חינוכי יש חשיבות בהיבטים אקולוגיים, אדריכליים ופדגוגיים: מבחינה אקולוגית הצמחייה עוזרת ביצירת מיקרו-אקלים ומזמנת מגוון ביולוגי. מבחינה אדריכלית הגינה תורמת למרחב הפיזי התלת-ממדי בצבעוניות, בטקסטורה, בגובה ובנפח וכן מוסיפה יופי טבעי למבנה. מבחינה פדגוגית, הצמחייה והמערכת האקולוגית שסביבה מאפשרות למידה עצמאית, למידה בקבוצות, למידה סביב פרויקטים ועוד. זאת תוך שימוש בכל החושים ויצירת תחושה שהילדים חלק מהעולם הנמצא סביבם.
באמצעות הגינה, הילדים מכירים את המעגליות של תהליכים המתרחשים בטבע, עונות השנה ומחזורי הצמיחה, ונחשפים למקורות מהם מגיע האוכל שלנו תוך התנסות בחוויה של גידול ירקות בעצמם.

בגן הילדים, הגינה מאפשרת לילדים חוויית גילוי ופליאה, וחוויה רב חושית בטבע בלי הצורך לצאת אל מחוץ לגדר. ההתנסות בגינה מאפשרת מפגש וחשיפה למגוון רחב של נושאים שהחשיפה אליהם מועטה בקרב רוב האוכלוסייה בארץ; דברים שלא ניתן לחוותם בין ארבעת קירות הגן וכן התנסות בפעילות מוטורית, עבודת כפיים ובכישורים חברתיים.

בבתי הספר, הגינה יכולה להכיל צמחייה מגוונת ומרכיבים נוספים: עצים, צמחים לתועלת האדם, תבלינים, ירקות ופרחי נוי. הגינה מאפשרת בניה של מנבטה, קומפוסטר, פינות מיחזור, פינות תצפית, מתקנים למשיכת מאביקים כמו ציפורים ופרפרים ועוד.
תוצרי הגינה (ירקות, תבלינים, פירות) מאפשרים שיתוף של קהילת ההורים על ידי מכירה של יבול הגינה, שיתוף הורים מומחים בעבודת הגינה ובפיתוחה ושילוב הגינה באירועים.

הגינה מהווה מקור שופע ומגוון לא רק בסוגי הצמחייה השונים שבה, אלא גם בהיותה מרכז ללמידה פעילה ורלוונטית של מושגים מתוך מקצועות לימוד שונים.

• חקלאות ומדעי הסביבה: היכרות עם מושגים ועקרונות, התנסות בעבודה מעשית, פיתוח עמדות חיוביות כלפי הצומח והחי וערך העבודה, הבנה של השפעת האקלים והאדם על החקלאות.
• מדעים: למידה בנושאי כימיה, ביולוגיה, פיזיקה, תזונה.
• חשבון: התנסות במדידה, גיאומטריה ופתרון בעיות אותנטיות כגון תכנון הגינה, חישוב שטח של ערוגות, מרחקי שתילה ואיסוף נתונים.
• קיימות: למידה על כלכלה מעגלית, צמצום צריכה ומיחזור.
• מחשבת ישראל ומקרא: סיפורי התנ"ך בהקשר חקלאי, הדגמת דינים והלכות הקשורים לחקלאות בארץ ישראל.
• אנגלית ושפות, ספרות ולשון: למידה של אוצר מילים, כתיבה יוצרת בצורה מעשית וחווייתית.
• אמנות: ציור וצילום בגינה, יצירת שלטים, דחלילים ושבשבות.

הגינה מזמנת התנסות במיומנויות כגון התבוננות, למידה בדרך החקר, למידה רב תחומית, למידה שיתופית, עבודת כפיים, יזמות, תכנון וביצוע משימות. תכנון שימושים שונים באנרגיה סולארית לגינה, תאורה וחימום בחממה, תכנון ויצירה של כלים, רהיטים או עזרים מחומרים בשימוש חוזר, תכנון ובניית מערכת השקיה לגינה, מתקנים לצמחיית מים ועוד.

לגינה הלימודית השפעה מרגיעה ומיטיבה. השפעה זו מועצמת ומחוזקת פי כמה וכמה באוכלוסיית החינוך המיוחד ובקרב תלמידים המתקשים לתפקד בכיתה. תלמידים אלה "פורחים" במסגרת הפעילות בגינה, לעיתים תכופות הופכים למנהיגים ומוערכים כ"נאמני גינה" ובעלי הידע המקצועי. הפעילות הפיזית הפשוטה לכאורה של הכנה ותחזוקת הגינה מאפשרת ביטוי אגרסיות בצורה לא הרסנית בפעילות כמו עישוב, גיזום וחפירה. הילדים לוקחים חלק משמעותי ביצירה ובהתהוות של הגינה, מפתחים קשר למקום ומקבלים חוויה של אופטימיות ותקווה על ידי הקשר עם צמח שנובט, מלבלב ומניב פרי. הילדים לומדים לקחת אחריות על הגינה ועל הצומח בה.

לסיום, ילדים מבית הספר "בית ישראל" בו ילדים מכיתות א'-ב' עובדים בגינה מספרים:
"היום היה יום מיוחד בגינה שלנו, סוף סוף קטפנו את הכרוב הראשון. שמחנו להביא אותו במתנה לדוד מהמכולת שמול בית הספר. למה לדוד? השבוע כשחזרנו מהטיול וצעקנו ברד ברד ליד המכולת, יצא דוד, נרגש לראות אותנו שמחים מהטיול ונתן לכל ילד כוס ברד.
דוד עשה סלט מהכרוב שהבאנו לו וכל תושבי השכונה נהנו. איזה כיף לנו שיש לנו כאלה שכנים טובים."

"הילד הוא עצמו חתיכת טבע נפלאה, שגלומים בה כוחות־טבע כבירים השואפים להתגלות, להתפתח, להשתכלל ולהשתלם. האינסטינקטים פועלים בו פעולה נמרצת, הוא עושה "הכרה" עם העולם הסובב אותו, עינו חדה ובהירה ונפשו פנויה למתרגש ולמתרחש סביבו.
בתקופה יקרה וטבעית זו, צריך ליתן את הטבע בליבו. לא רק להראות לו את הטבע, לספר ולשיר עליו, אלא לקרב אותו אל הטבע ולקרב את הטבע אליו. לעשותו עובד הטבע".

(הציטוטים של יהושע מרגולין מתוך: החינוך לטבע – משנתו של יהושע מרגולין. הוצאה מחודשת ומוערת על ידי ד"ר ניר אליאב. ספר זיכרון-10 שנים לפטירתו, הוצאה ראשונה בעריכת שמואל ניצן ע"י סמינר הקיבוצים הוצאת הקיבוץ המיוחד 1957).